Người Hà Lan cáo buộc Sukarno và Hatta cộng tác với người Nhật, và tố cáo nước Cộng hòa là một sản phẩm của phát xít Nhật.[9] Chính phủ Đông Ấn Hà Lan chỉ nhận được 10 triệu đô la tiền vay từ Hoa Kỳ để cấp cho việc trở lại Indonesia.[7]

Tuy nhiên, Hà Lan vốn đã suy yếu trầm trọng do thế chiến và không thể phục hồi thành một lực lượng quân sự đáng kể cho đến đầu năm 1946. Nhật Bản và các thành viên của Đồng Minh miễn cưỡng chấp thuận hành động trong vai trò quản lý.[15] Do lực lượng Hoa Kỳ tập trung tại các đảo gốc của Nhật Bản, Indonesia được đặt dưới quyền hạn của Đô đốc người Anh Louis Mountbatten, Tư lệnh tối cao Đồng Minh của Bộ Tư lệnh Đông Nam Á. Đồng Minh đã kiểm soát một số khu vực tách rời tại Kalimantan, Morotai (Maluku) và các bộ phận của Irian Jaya; quản trị viên người Hà Lan đã trở lại những khu vực này.[19] Trong các khu vực mà Hải quân Nhật Bản hoạt động, việc quân Đồng Minh đến nhanh chóng đã ngăn ngừa các hoạt động cách mạng; tại đây các binh sĩ Úc, tiếp đến là các binh sĩ và quản trị viên Hà Lan, tiếp nhận đầu hàng của Nhật Bản (ngoại trừ tại Bali và Lombok).[20] Do không có kháng cự mạnh, hai sư đoàn Lục quân Úc tiếp tục chiếm đóng miền đông Indonesia.[21]

Anh Quốc chịu trách nhiệm khôi phục trật tự và chính phủ dân sự tại Java. Người Hà Lan cho rằng điều này có nghĩa là chính phủ thực dân tiền chiến và tuyên bố chủ quyền đối với Indonesia.[15] Tuy nhiên, binh sĩ Thịnh vượng chung Anh không đổ bộ lên Java để tiếp nhận sự đầu hàng của Nhật Bản cho đến cuối tháng 9 năm 1945. Những nhiệm vụ tức thì của Louis Mountbatten gồm có hồi hương khoảng 300.000 người Nhật, và phóng thích các tù nhân chiến tranh. Ông không muốn, và cũng không đủ lực, để đưa các binh sĩ của mình vào một cuộc đấu tranh lâu dài nhằm tái chiếm Indonesia cho người Hà Lan.[22] Các binh sĩ Anh đầu tiên tiến đến Jakarta vào cuối tháng 9 năm 1945, và đến các thành phố Medan, Padang, Palembang, Semarang và Surabaya vào tháng 10. Trong một nỗ lực nhằm tránh xung đột với người Indonesia, Trung tướng Anh Quốc Philip Christison cho chuyển các binh sĩ của quân đội thực dân Hà Lan cũ đến miền đông Indonesia, nơi mà Hà Lan tái chiếm thuận lợi.[20] Căng thẳng leo thang khi binh sĩ Đồng Minh tiến vào Java và Sumatra; xung đột nổ ra giữa những người Cộng hòa và những địch thủ mà họ nhận thức, cụ thể là tù nhân Hà Lan, binh sĩ thực dân Hà Lan, người Hoa, người lai Âu-Á, và người Nhật.[20]

Giai đoạn đầu của chiến tranh bắt đầu vào tháng 10 năm 1945, khi mà theo các điều khoản đầu hàng, người Nhật cố gắng tái thiết lập quyền lực mà họ đã từ bỏ đối với người Indonesia tại các thành thị. Quân cảnh Nhật Bản sát hại pemuda Cộng hòa tại Pekalongan vào ngày 3 tháng 10, và quân Nhật đẩy pemuda Cộng hòa ra khỏi Bandung và chuyển giao thành phố cho người Anh, song cuộc chiến đấu ác liệt nhất có sự tham dự của người Nhật là tại Semarang. Ngày 14 tháng 10, quân Anh bắt đầu chiếm thành phố. Quân Cộng hòa đang triệt thoái trả đũa bằng việc sát hại từ 130-300 tù nhân người Nhật mà họ giữ. 500 người Nhật và 2.000 người Indonesia thiệt mạng và người Nhật hầu như đã chiếm được thành phố sáu ngày sau khi quân Anh đến.[20] Đồng Minh hồi hương những binh sĩ và thường dân Nhật Bản còn lại về Nhật Bản, song có khoảng 1.000 người lựa chọn ở lại và sau đó giúp đỡ lực lượng Cộng hòa trong cuộc đấu tranh vì độc lập.[23]

Người Anh sau đó quyết định sơ tán 10.000 tù nhân lai Âu-Á và gốc Âu tại vùng nội lục Trung Java biến động. Các phân đội Anh được phái đến các thị trấn Ambarawa và Magelang đã gặp phải sự kháng cự mạnh mẽ của lực lượng Cộng hòa và sử dụng không kích để chống lại quân Indonesia. Sukarno dàn xếp một lệnh ngừng bắn vào ngày 2 tháng 11, song đến cuối tháng 11 thì giao tranh lại bắt đầu và người Anh triệt thoái đến vùng duyên hải.[24] Các cuộc tiến công của lực lượng Cộng hòa chống lại Đồng Minh và những thường dân bị gán là thân Hà Lan đạt đến một đỉnh cao vào tháng 11 và tháng 12, với 1.200 người bị sát hại tại Bandung khi pemuda quay lại tiến công.[25] Trong tháng 3 năm 1946, phe Cộng hòa phản ứng trước một tối hậu thư của Anh để họ rời khỏi Bandung bằng cách phóng hỏa phần lớn nửa phía nam của thành phố, sự kiện nổi tiếng tại Indonedia với tên gọi "Biển lửa Bandung". Binh sĩ Anh Quốc cuối cùng rời khỏi Indonesia trong tháng 11 năm 1946, song lúc này 55.000 quân Hà Lan đã đổ bộ lên Java.

Với sự trợ giúp của Anh, người Hà Lan cho quân đổ bộ lên Jakarta và các trung tâm trọng yếu khác. Các nguồn của lực lượng Cộng hòa nói rằng họ mất 8.000 người cho đến tháng 1 năm 1946 khi phòng thủ Jakarta, song không thể giữ được thành phố.[22] Tập thể lãnh đạo của lực lượng Cộng hòa do dó thiết lập căn cứ tại thành phố Yogyakarta với sự ủng hộ cốt yếu của tân vương Hamengkubuwono IX. Yogyakarta đóng một vai trò lãnh đạo trong cách mạng, nhờ vậy mà thành phố được trao tình trạng Lãnh thổ đặc biệt.[26]

Trên đảo Java và Sumatra, người Hà Lan có những thành công quân sự tại các thành phố và thị trấn lớn, song không thể khuất phục vùng thôn quê. Tại các đảo xa (kể cả Bali), tình cảm Cộng hòa không mạnh, ít nhất là trong tầng lớp tinh hoa. Sau đó, họ bị người Hà Lan chiếm đóng một cách tương đối dễ dàng, và các nhà nước tự trị được người Hà Lan thiết lập, lớn nhất trong số đó là Nhà nước Đông Indonesia với thủ đô tại Makassar.